Centre Bujumbura
Le Messager Bujumbura (A) : L’équipe a évolué en 2ème Division Bujumbura (Catégorie A) de 2010 à 2014. Depuis 2014, elle a été promue en 1ère division (jusqu’à nos jours). Malheureusement, le niveau de l’équipe n’arrive pas à se stabiliser suite aux départs de joueurs, et ce chaque saison.
Umoja FC (Catégorie B) : Promue en 2ème Division Bujumbura en 2012, cette équipe a été reléguée en 3ème Division Bujumbura. Selon le management de l’Académie Le Messager, cette régression est le résultat du bas âge des joueurs par rapports à celui des joueurs des clubs concurrents.
Senga FC (Catégorie C) : Elle a été de 2012 à 2013 dans le Championnat des Cadets de Buyenzi, en Mairie de Bujumbura. De 2013 à 2014, elle a fait la 4ème Division dans la capitale, avant d’entrer en 3ème Division en 2014. Suite au départ massif des joueurs de la Catégorie A vers d’autres clubs, plusieurs joueurs de B ont été promus en A et B n’existe plus. Certains joueurs de C,devenus majeurs, ont déjà accédé en A.

Centre Ngozi
Le Messager Ngozi FC a été Champion des cadets de Ngozi en 2009, Vice-Champion local de Ngozi en 2010, avant de remporter ce championnat en 2011. En 2016, elle est vice-champion de la Ligue Nationale A, et remporte la Coupe du Président. Pour la saison 2016-2017, elle est vice-championne de la Coupe du Président, éliminée au 2ème tour de la Coupe de Confédération Africaine. Par ailleurs, deux joueurs Enock Sabumukama et Dieudonné Ntibahezwa ont été transférés à l’équipe Zesco (Malawi) en bonne et due forme.

L’équipe Shalom FC a été champion des cadets de Ngozi en 2014.
L’équipe Espoir FC rassemble des jeunes joueurs basés à Buye en commune Mwumba de la province Ngozi. Son histoire, c’est aussi celle de son directeur, Jonathan Nkurunziza, un des fils du fondateur de l’Académie Le Messager. Elle évolue dans le championnat local de Ngozi.

Centre Gitega
L’équipe Messager Gitega devenue par la suite Flambeau du Centre a pu accéder à la 2ème Division nationale après trois années de tractations pour cause de nom. En effet, les dirigeants de la FFB de l’époque disaient qu’ils ne pouvaient pas accepter deux équipes portant le même nom de « Messager »… L’équipe a été promue en Ligue A pour la saison 2016-2017.
Holly Team FC : évoluant dans le championnat local de Gitega, elle se classe parmi les trois premiers depuis les trois dernières saisons.
La Zège FC évolue dans le championnat des Cadets de Gitega depuis 2014, en 3ème division.
« La plupart des praticiens et fans du football pensaient que seuls les clubs de la capitale pouvaient représenter le pays à l’étranger. Depuis l’implication du Messager FC, ce n’est plus le cas »

Centre Rumonge
Les Crocos FC : après son passage dans les Championnats de Cadets de Rumonge, l’équipe jouait en 2015-2016 en Ligue A, avant d’être reléguée en Ligue B. Les autres équipes sont Mukeke FC et Panthères.

« Plusieurs provinces se sont inspirées de notre expérience. Même si ce ne sont pas des académies qui voient le jour, il y a un foisonnement de projets autour du football. Des clubs naissent ou se renforcent à Makamba, Muyinga, Gitega, Cibitoke, Ruyigi…, des stades sont construits, on sent au Burundi un engouement pour nourrir les talents des jeunes à travers le football. »